El Jueves Santo tiene lugar la procesión denominada El Flagelado, será cuando termine la celebración de La Última Cena que comenzará a las 19 horas (7 de la tarde).
En esta procesión salen los mismos pasos que desfilaron la noche anterior (Nazareno Pequeño o Dainos, Nazareno Grande y Dolorosa) desde la ermita, además de El Flagelado.
Nuevamente la procesión toma el nombre de una talla, El Flagelado, protagonista del Jueves Santo. Al igual que en el Miércoles Santo lo fue El Dainos. En este caso, la imagen de El Flagelado, siempre ha sido custodiada en el interior de la Iglesia de Santa María del Castillo y sacada en procesión la tarde del Jueves Santo. El Flagelado es un Cristo atado a la columna que data del siglo XVI.
La procesión sale de la Iglesia de Santa María del Castillo por las puertas grandes, gira a la izquierda y se dirige hacia la calle Espíritu Santo, continua por la calle Tejedores hasta la calle Larga y en esta asciende hasta llegar a la calle Marroquinos, una vez dentro de esta comienza la cuesta abajo, en el primer cruce a la derecha continua la procesión por la calle Ollería, y una vez que la comitiva llega a la esquina de Romanones, gira hacia la calle Nogales Delicado, recorriéndola entera hasta su confluencia con la plaza Ramón Laporta, donde pasa de largo para terminar de nuevo en el gran templo que ocupa el centro del ágora.
